Lista de episodios de ¡Scooby-Doo! Misterios S.A.

Esta serie tuvo dos doblajes, uno para Latinoamérica y otro para España, como consecuencia de esto los títulos de algunos de los episodios varían en ambas versiones. Al ser una enciclopedia dedicada a informar sobre la franquicia en español ambos títulos estarán divididas por el siguiente símbolo; "/".

El título a la izquierda mostrará la adaptación latinoamericana y el de la derecha la española.

En caso de que ambas versiones compartan el mismo título, no habrá ninguna división.

Primera temporada

1. Cuidado con la Bestia de las Alcantarillas/La Bestia de las Profundidades
2. Los Cocodrilos/Las Criaturas de la Noche
3. El Fantasma de la Carretera/El Secreto del Fantasma Sobre Ruedas
4. La Venganza del Hombre Cangrejo
5. La Canción Misteriosa/El Sonido del Misterio
6. La Leyenda de Alice May
7. El Fantasma Aterrorizante/Terror Escénico
8. El Ataque del Gnomo/El Abrazo del Gnomo
9. La Batalla de los Humungonautas
10. El Sabueso Endemoniado/El Aullido del Monstruo Sabueso
11. La Poción de la Juventud/El Suero Secreto
12. Una Bestia de Otra Dimensión/Locura Desatada
13. Cuando la Cigarra Llama/La Llamada de la Cigarra
14. Finales del Club de Misterios por Resolver/La Gran Final de los Cazamisterios
15. La Pandilla Salvaje/Los Wild Brood
16. La Venganza de Afrodita/El Regreso de Afrodita
17. El Escape de la Mansión/Evasión de la Mansión del Misterio
18. El Secreto del Dragón
19. Noche de Miedo/Noche de Terror
20. El Canto de la Sirena
21. La Amenaza del Manticora/La Maldición del Manticor
22. El Ataque del Monstruo sin Cabeza/Ataque del Horror sin Cabeza
23. Una Aparición en Cueva Cristal/Encantamiento en Crystal Cove
24. La Justicia Muerta/Justicia Mortal
25. La Verdadera Identidad/El Peón de las Sombras
26. El Fenómeno de Cueva Cristal/El Terror del Freak

Segunda temporada

1. La Noche que el Bufón Lloró/La Noche que Lloró el Payaso
2. La Casa de la Bruja Pesadilla
3. La Noche que el Bufón Lloró: Segunda Parte/La Noche que Lloró el Payaso: Segunda Parte
4. ¡La Telaraña del Tejedor de Sueños!/¡La Red del Tejedor de Sueños!
5. El Hodag del Terror/El Hodag del Horror
6. ¡Arte Oscuro!/¡El Arte de la Oscuridad!
7. La Creciente Oscuridad/La Reunión Maligna
8. Una Noche en la Macabra Montaña/Una Noche en la Montaña Encantada
9. El Juicio de Grim/El Misterio del Peregrino
10. Terrores Nocturnos
11. Dimensión Desconocida/La Zona de Medianoche
12. El Oso Monstruoso/El Oso del Miedo
13. La Ira de Krampus/La Cólera de Krampus
14. Corazón de Maldad/El Corazón del Mal
15. El Teatro de la Perdición/El Teatro Condenado
16. Alienígenas Entre Nosotros/Extraterrestres Entre Nosotros
17. La Manada del Horror/La Manada Horrible
18. La Danza de los No Muertos/La Danza de los Zombis
19. El Devorador
20. El Dinero o la Vida/Alto Ahí
21. El Hombre del Espejo/El Hombre en el Espejo
22. Pesadilla en Rojo
23. La Noche Negra de los Cazadores/La Noche Oscura de los Cazadores
24. Las Puertas de la Oscuridad/Las Puertas de la Penumbra
25. A Través de la Cortina
26. Liberados/Nunca Ha Pasado